根據中央建設創新型國家的總體戰略目標和國家中長期科技發展規劃綱要，結合科技布局調整的要求，圍繞深圳市實施創新型城市戰略，2006年2月，深圳市人民政府及香港中文大學友好協商，在深圳市共同建立中國科學院深圳先進技術研究院，實行理事會管理，探索體制機制創新。
中國科學院深圳先進技術研究院實行理事會制度，由中科院和深圳市政府各委派3人組成，實行雙組長制，其主要職責是確定年度建設計劃。
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