根據中央建設創新型國家的總體戰略目標和國家中長期科技發展規劃綱要，結合科技布局調整的要求，圍繞深圳市實施創新型城市戰略，2006年2月，深圳市人民政府及香港中文大學友好協商，在深圳市共同建立中國科學院深圳先進技術研究院，實行理事會管理，探索體制機制創新。
中國科學院深圳先進技術研究院實行理事會制度，由中科院和深圳市政府各委派3人組成，實行雙組長制，其主要職責是確定年度建設計劃。
中國科學院深圳先進技術研究院定位于創新型綜合性工業研究院，目前已初步構建起以科研為主的集科研、教育、產業、資本為一體的微型協同創新生態系統。基于“工研院”的定位，致力于推動研究成果的轉移轉化和資本運營，目前已注資成立兩家投資管理有限公司，已擁有多支天使基金和風投基金。
截至2020年底，累計孵化企業1186家，持股301家，風投基金在機械制造業、高端醫療設備、精密儀器、高新軟件等領域進行了多項股權投資，獲得了較高的回報，其中聯影科技、中科強華等企業成為細分領域的領導品牌。
